Os medicamentos manipulados são medicamentos preparados segundo fórmulas magistrais ou oficinais, cuja preparação compete às farmácias ou serviços farmacêuticos hospitalares, sob a direta responsabilidade do farmacêutico.
Os medicamentos manipulados permitem uma adequação e personalização do medicamento e da terapêutica ao doente, adequando-se ao seu perfil patológico, tendo em conta diversos aspetos como a idade, metabolismo, sexo, condições físicas e psicológicas do utente e a sua patologia; permitem igualmente o preenchimento de lacunas não ocupadas pela indústria farmacêutica, aspetos importantes nas áreas da pediatria, geriatria e oncologia; bem como a associação de substâncias ativas não disponíveis no mercado dos medicamentos industrializados.